Su función primordial es la custodia y guarda de los detenidos y la ejecución de penas a quienes, por imperio de la justicia, están privados de su libertad. Tiene como misión la “recuperación integral del individuo a fin de reinsertarlo a la sociedad”
Cuenta actualmente con nueve unidades penitenciarias: La UP I (Complejo Penitenciario Loreto); UP II (Oberá); UP III (Eldorado); UP IV (Instituto Correccional de Menores Varones); UP V (Instituto Correccional de Mujeres); UP VI (Instituto de Encausados y Procesados de Posadas); UP VII (Puerto Rico); UP VIII (Cerro Azul) y UP IX (Unidad de Salud para Inimputables, USI).
Además, otros entes dependientes del SPP son la Sección Traslados de Internos; el Grupo de Intervención Especial Penitenciaria; la Sección Canes; Archivos; la Universidad de las Fuerzas de Seguridad de la Provincia de Misiones “General Andrés Guacurarí y Artigas”; el Instituto de Formación y Capacitación Penitenciaria (InFoCaP); el Centro de Atención Integral para el Personal Penitenciario; y la Banda de Música del Servicio Penitenciario Provincial.
Asimismo funcionan actualmente Cooperativas de Trabajo en las distintas Unidades Penales de la provincia, cada una con su particularidad en cuanto a las tareas que desempeñan en la elaboración de materiales e insumos, brindando herramientas de laborterapia, con el fin de lograr la reinserción social de las personas privadas de la libertad.
Al frente del SPP están actualmente los alcaides generales Valeria Mereles (jefa) y Marcelo Meza (subjefe).